Kota Akademi, Jepang, berada di garis depan ilmu pengetahuan. Selain 30 tahun lebih maju dalam hal teknologi, lebih dari tiga perempat populasi kota yang unik ini terdiri dari para pelajar yang mengembangkan kemampuan psikis mereka sebagai ahli di berbagai institusi. Di antara para siswa ini adalah Touma Kamijou, seorang siswa SMA dengan peringkat psikis terendah yaitu nol, namun memiliki kekuatan misterius yang tidak dapat dimengerti oleh para ilmuwan: "Imagine Breaker," yang memungkinkannya untuk meniadakan kemampuan supernatural lainnya. Namun, hal ini tidak mempengaruhi kehidupan Kamijou sedikit pun saat ia memainkan perannya sebagai remaja biasa; yaitu, hingga ia bertemu dengan Index Librorum Prohibitorum yang aneh, seorang gadis muda yang telah menghafal seluruh grimoires terlarang, dan sekarang sebuah organisasi berbahaya memburu Index. Dengan beberapa penyihir yang ingin mencelakai gadis itu, Kamijou akan membela teman barunya dengan cara apa pun saat ia menemukan dunia supernatural yang aneh.