Shy telah tumbuh dewasa setelah bertempur melawan 'Amalareik,' yang dipimpin oleh anak laki-laki misterius Stigma. Ketika dia kembali ke Jepang, dia bertemu dengan seorang gadis bernama Ai Tennouji yang telah melarikan diri dari desa ninjanya. Ai mengatakan kepada Shy bahwa dia meninggalkan desa tersebut untuk mengejar seorang anggota 'Amalareik'. Sementara itu, sebuah insiden terjadi di mana Tokyo tiba-tiba diselimuti bola hitam dan menghilang. Para pahlawan dikirim untuk menyelamatkan Tokyo.