Setelah mengatasi berbagai peristiwa yang penuh gejolak, sersan tentara bayaran Sousuke Sagara dari Mithril dan siswi sekolah "Berbisik" Kaname Chidori kembali ke kehidupan SMA mereka yang normal. Sousuke melanjutkan upayanya untuk berbaur dengan penduduk sipil dan mengelola misinya pada saat yang sama, sementara Kaname berusaha untuk mendukung usahanya (meskipun kejenakaannya sering membuatnya kesal).Namun, seiring dengan ketenangan hidup mereka, masalah baru mulai bermunculan. Kemunculan organisasi teroris independen yang dikenal sebagai Amalgam dan konflik internal di dalam Mithril mengancam persatuan menjadi serangkaian kegagalan dan pengkhianatan. Dan model Arm Slave yang baru dan kuat hanya memperburuk situasi ketika perdamaian dunia dipertaruhkan.Saat Kaname dan Sousuke menghadapi pertempuran batin mereka sendiri di tengah-tengah pertarungan yang mengancam nyawa, akankah mereka dapat membuat pilihan yang tepat dan mengubah masa depan mereka?