Siswa yang riuh, Kaname Chidori, dan tentara Sousuke Sagara menikmati kehidupan SMA yang menyenangkan. Namun, hari-hari mereka yang damai terganggu oleh organisasi teroris yang mengancam, Amalgam. Leonard Testarossa, seorang anggota organisasi yang memiliki "Whispered", berusaha untuk mendapatkan Kaname dan ilmunya.Pertarungan Kaname dan Sousuke melawan Amalgam dimulai dari lingkungan mereka sendiri, yang pada akhirnya membawa mereka pada perburuan di seluruh dunia. Dari tanah eksotis Laos hingga pantai Meksiko yang tandus, Sousuke harus mengumpulkan kecerdasan untuk mengalahkan Amalgam. Sementara itu, kemampuan Kaname semakin berkembang, begitu pula dengan rasa frustasinya saat tekadnya layu. Terperangkap dalam permainan petak umpet yang intens, serta rencana strategis, pasangan ini mencoba untuk terhubung dan mendorong melampaui batas mereka sendiri.