Dunia Yozakura Quartet sebenarnya bukan hanya satu, tetapi dua dunia: dunia manusia dan dunia youkai. Meskipun sebagian besar terlihat seperti manusia, youkai mungkin memiliki ciri-ciri fisik seperti binatang, bersama dengan sejumlah kemampuan khusus. Biasanya youkai terkurung di dunia mereka, tetapi beberapa telah menemukan jalan mereka ke dunia manusia. Sebagai simbol perdamaian, dan jembatan antara dua alam, sebuah kota dibangun di dalam penghalang pelindung tujuh pohon ajaib, atau dikenal sebagai Tujuh Pilar. Kota Sakurashin ini adalah rumah bagi manusia dan youkai, dengan kedamaian di antara mereka yang dijaga oleh Kantor Konseling Kehidupan Hizumi.Direktur kantor ini adalah Akina Hiizumi, seorang remaja yang memiliki kemampuan yang diwarisi dari keluarganya untuk melakukan "penyetelan", yang dapat mengirim youkai yang berbahaya kembali ke dunianya secara permanen. Dia dibantu oleh sekelompok gadis, termasuk walikota youkai berusia 16 tahun, Hime Yarizakura, penyiar dan telepati kota mereka, Ao Nanami, dan Kotoha Isone, seorang setengah youkai yang dapat memanggil objek hanya dengan menyebutkan nama objek tersebut.Ketika penduduk baru masuk dan peristiwa misterius mulai terjadi, kuartet pelindung ini dan teman-teman terdekat mereka harus terus menjaga kota Sakurashin, dan menjaga keseimbangan perdamaian yang rapuh antara manusia dan youkai.