Dua tahun telah berlalu sejak serangan CCG di Anteiku. Meskipun atmosfer di Tokyo telah berubah secara drastis karena meningkatnya pengaruh CCG, para hantu terus menjadi masalah karena mereka mulai berhati-hati, terutama organisasi teroris Aogiri Tree, yang mengakui bahwa CCG semakin mengancam eksistensi mereka.Pembentukan tim khusus, yang dikenal sebagai Pasukan Quinx, dapat memberikan dorongan yang dibutuhkan CCG untuk membasmi penduduk Tokyo yang tidak diinginkan. Sebagai manusia yang telah menjalani operasi untuk memanfaatkan kemampuan khusus para hantu, mereka berpartisipasi dalam operasi untuk membasmi makhluk berbahaya tersebut. Pemimpin kelompok ini, Haise Sasaki, adalah setengah hantu dan setengah manusia yang telah dilatih oleh penyelidik kelas khusus yang terkenal, Kishou Arima. Namun, ada lebih banyak hal yang tidak terlihat dari pemuda ini, karena kenangan yang tidak diketahui mencakar pikirannya, perlahan-lahan mengingatkannya pada dirinya yang dulu.