Makoto Konno berada di tahun terakhirnya di sekolah menengah atas, tetapi mengalami kesulitan untuk memutuskan apa yang harus dilakukan dengan masa depannya. Di tengah-tengah tekanan dari guru-gurunya dan menghabiskan waktu bersama sahabat-sahabatnya, kehidupan Makoto tiba-tiba berubah ketika ia secara tidak sengaja menemukan bahwa ia mampu melompati waktu.Toki wo Kakeru Shoujo mengikuti Makoto saat dia bermain-main dengan kekuatan barunya. Namun, dia segera belajar dengan cara yang sulit bahwa setiap pilihan memiliki konsekuensi, dan waktu jauh lebih rumit daripada yang terlihat.