Di Academy City yang maju secara ilmiah, keajaiban akan segera terjadi: selesainya lift luar angkasa pertama di dunia, "Endymion." Sementara itu, seorang siswa SMA, Touma Kamijou, dan rekannya, Index, sedang menjalani kehidupan sehari-hari ketika mereka bertemu dan berteman dengan Arisa Meigo, seorang penyanyi yang ceria dan ambisius. Ketika kejadian aneh mulai terjadi di seluruh kota, mereka mengarah pada penemuan plot rumit yang mengelilingi Arisa dan Endymion. Segalanya menjadi semakin rumit ketika Stiyl Magnus muncul, yang menandakan bahwa dunia sihir juga terlibat...