Simon dan Kamina lahir dan dibesarkan di sebuah desa bawah tanah yang dalam, tersembunyi dari permukaan. Kamina adalah meriam lepas yang berjiwa bebas dan bertekad untuk membuat nama untuk dirinya sendiri, sementara Simon adalah anak laki-laki pemalu tanpa aspirasi yang nyata. Suatu hari saat menggali bumi, Simon menemukan sebuah benda misterius yang ternyata merupakan kunci pengapian dari sebuah artefak perang kuno, yang mereka namakan Lagann. Dengan menggunakan senjata baru mereka, Simon dan Kamina menangkis serangan mendadak dari permukaan dengan bantuan Yoko Littner, seorang gadis berambut merah berdarah panas yang memegang senjata besar yang mengembara di dunia atas.Setelah pertempuran, langit kini terlihat jelas, mendorong Simon dan Kamina untuk memulai perjalanan bersama Yoko untuk menjelajahi daerah-daerah terlantar di permukaan. Tak lama kemudian, mereka bergabung dalam pertarungan melawan "Beastmen," makhluk humanoid yang meneror sisa-sisa umat manusia dengan menggunakan robot-robot kuat yang disebut "Gunmen." Meskipun mereka menghadapi beberapa tantangan dan kemunduran, ketiganya dengan berani melawan musuh-musuh baru ini bersama para penyintas lainnya untuk merebut kembali permukaan bumi, sambil perlahan-lahan mengungkap misteri seukuran galaksi.