Enam bulan telah berlalu sejak kemenangan Pertempuran Britania dan reklamasi Gallia dari penjajah Neuroi. Yoshika Miyafuji, anggota 501 Joint Fighter Wing yang terkenal itu, telah kembali ke Fuso dan lulus dari sekolah menengah.Namun, perjuangannya masih jauh dari selesai. Dia menerima sepucuk surat yang konon dikirim oleh ayahnya yang telah lama meninggal, berisi cetak biru Unit Striker canggih yang telah dia kerjakan sebelum kematiannya. Unit yang dirancang khusus untuk Yoshika ini mungkin mampu memanfaatkan kekuatan magisnya yang luar biasa.Sementara itu, ancaman baru di Eropa sedang meningkat. Sarang Neuroi dengan ukuran dan kekuatan yang belum pernah terjadi sebelumnya telah muncul di Venezia, memusnahkan pasukan penyihir lokal dan langsung menelan bagian utara negara itu. Lebih buruk lagi, jenis Neuroi humanoid yang baru saja terlihat berusaha untuk melakukan kontak dengan manusia.Yoshika, yang tidak dapat meninggalkan teman-temannya di garis depan, sekali lagi harus menjelajah ke benua yang dilanda perang.