Jougorou Kobato memiliki kebiasaan memasukkan dirinya ke dalam masalah orang lain. Setelah menyadari bahwa kemampuan detektifnya tidak diinginkan atau dihargai, dia membuat kesepakatan dengan temannya yang pemalu, Yuki Osanai, untuk menjadi orang biasa bersama-sama. Memasuki masa SMA, mereka ingin dianggap sebagai orang biasa, namun Kobato tidak bisa tidak kembali ke cara berpikirnya yang deduktif saat dihadapkan pada misteri sehari-hari. Sayangnya, kejadian biasa bukanlah satu-satunya yang mereka temukan. Ketika mereka menjalani hari-hari di sekolah dengan berusaha menghindari menarik perhatian, Kobato dan Osanai terkadang terjebak dalam insiden yang membuat rencana mereka untuk menjalani kehidupan yang damai dan biasa-biasa saja menjadi beresiko.