Shinji Ikari mengalami koma secara emosional setelah kematian seorang teman baiknya. Dengan putranya yang secara mental tidak dapat mengemudikan robot humanoid Evangelion Unit-01, NERV milik Gendou Ikari berpacu dengan organisasi bayangan SEELE untuk melihat siapa yang dapat melaksanakan rencana utama mereka terlebih dahulu. SEELE ingin menciptakan makhluk seperti dewa dengan menggabungkan jiwa mereka sendiri ke dalam unit Evangelion, sementara Gendou ingin mengembalikan seluruh umat manusia menjadi satu makhluk purba agar ia dapat bersatu kembali dengan Yui, istrinya yang telah meninggal.SEELE mengerahkan pasukan militernya dalam invasi mematikan ke markas NERV. Saat pasukan SEELE membabat habis para ilmuwan dan personel keamanan NERV, Asuka Langley Souryuu mengemudikan Evangelion Unit-02 dalam upaya terakhir yang putus asa melawan persenjataan terberat SEELE.Pertempuran berkecamuk, dan Shinji yang tertekan bersembunyi jauh di dalam markas NERV. Dengan nasib dunia berada di tangan Shinji, Kapten Misato Katsuragi memburu remaja laki-laki itu saat masyarakat hancur di sekelilingnya.