Lima belas tahun setelah peristiwa dahsyat yang dikenal sebagai Dampak Kedua, dunia menghadapi ancaman baru: makhluk surgawi mengerikan yang disebut Malaikat menyerang Tokyo-3 satu per satu. Umat manusia tidak dapat mempertahankan diri dari para Malaikat meskipun telah menggunakan amunisi dan taktik militer mereka yang paling canggih. Satu-satunya harapan untuk keselamatan manusia ada di tangan NERV, sebuah organisasi misterius yang dipimpin oleh Gendou Ikari yang dingin. NERV mengoperasikan robot humanoid raksasa yang dijuluki "Evangelions" untuk memerangi para Malaikat dengan persenjataan canggih dan penghalang pelindung yang dikenal sebagai Absolute Terror Fields.Beberapa tahun setelah ditinggalkan oleh ayahnya, Shinji Ikari, anak laki-laki Gendou yang berusia 14 tahun, kembali ke Tokyo-3. Shinji mengalami pertempuran internal yang terus-menerus melawan trauma yang terkubur dalam yang disebabkan oleh kehilangan ibunya dan pengabaian emosional yang dideritanya di tangan ayahnya. Takut untuk membuka diri kepada orang lain, kehidupan Shinji berubah selamanya setelah bertemu dengan Misato Katsuragi yang berusia 29 tahun, seorang perwira tinggi NERV yang menunjukkan kepadanya kebaikan hati keibuan yang tidak pernah ia alami.Serangan Malaikat yang dahsyat memaksa Shinji beraksi saat Gendou mengungkapkan motif sebenarnya untuk mengundang putranya kembali ke Tokyo-3: Shinji adalah satu-satunya anak yang mampu mengemudikan Evangelion Unit-01 secara efisien, robot baru yang disinkronkan dengan biometriknya. Terlepas dari trauma psikologis brutal yang ditimbulkan dari mengemudikan Evangelion, Shinji mempertahankan Tokyo-3 dari ancaman malaikat, tanpa menyadari intrik gelap ayahnya.