Setelah upaya NERV yang gagal untuk mengambil Tombak Longinus dan melaksanakan Proyek Instrumentalitas Manusia, kehancuran yang disebabkan oleh Dampak Keempat sebagian besar telah dihindari. Dalam keadaan kacau, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami, dan Rei Ayanami melakukan perjalanan ke Desa 3-pemukiman para penyintas yang terbebas dari kehancuran Bumi. Di sana, Shinji perlahan-lahan berdamai dengan masa lalunya, mengembangkan kehidupan yang sama sekali berbeda dengan masa lalunya sebagai pilot Evangelion.Sementara itu, NERV melakukan persiapan untuk melanjutkan Proyek Instrumentalitas dengan menggunakan Impact yang baru. Ketika kapal perang udara utama WILLE tiba di desa, Shinji memutuskan untuk menaikinya, karena percaya bahwa dia dapat membantu dengan mengemudikan Evangelion. Ketika rahasia baru terungkap dan pertempuran antara WILLE dan NERV mendekat, masa depan Bumi tergantung pada keseimbangan. Dapatkah Shinji menyelamatkan umat manusia dan seluruh dunia untuk terakhir kalinya?