Ditinggalkan oleh orang tua mereka yang kejam dan hanya mengandalkan satu sama lain, kakak beradik Utsutsu dan Yume Hasegawa mendapati diri mereka disesatkan oleh kupu-kupu merah cantik yang muncul di dunia mereka. Tanpa sepengetahuan mereka, kupu-kupu bersayap merah ini menandakan awal dari mimpi buruk kanibalisme-virus misterius yang dikenal sebagai Pupa akan segera menetas. Setelah menyerah pada efek penuh Pupa, Yume mengalami metamorfosis yang aneh menjadi makhluk mengerikan dengan hasrat yang tak terpuaskan untuk memakan daging; Utsutsu, di sisi lain, hanya terpengaruh sebagian, dan justru mendapatkan kekuatan regenerasi yang luar biasa. Menegaskan kembali tekadnya untuk menepati janji yang ia buat pada dirinya sendiri bertahun-tahun yang lalu, Utsutsu bersedia mengorbankan segalanya untuk selalu ada untuk adik perempuannya yang berharga. Pupa bercerita tentang perjuangan putus asa seorang kakak yang penuh kasih untuk menyelamatkan adiknya sambil melindungi dunia dari rasa lapar yang tak terkendali.