Inspektur Arata Shindou dan Mikhail Kei Ignatov telah menemukan sebuah konspirasi yang berbahaya. Sistem Sybil, penilai utama karakter manusia di Jepang, sedang dirusak oleh sindikat kriminal yang mengumpulkan kekayaan dan kekuasaan secara diam-diam.Sekarang, agen Bifrost Kouichi Azusawa melancarkan serangan langsung ke Departemen Investigasi Kriminal (CID) dengan menduduki markas besarnya dan menyandera Inspektur Shindou dan semua orang yang bersamanya. Supervisor CID Unit 01, bersama dengan Kepala Mika Shimotsuki dan mantan anggota unit Shinya Kougami dan Nobuchika Ginoza, menghadapi tugas untuk merebut kembali gedung tersebut dan menyelamatkan semua orang di dalamnya.Bersamaan dengan situasi penyanderaan dan tuntutan Azusawa untuk mengundurkan diri dari Gubernur Tokyo, Karina Komiya, ada sebuah plot jahat yang menetas di latar belakang-sebuah rencana rahasia yang akan memaksa Inspektur Shindou untuk tidak hanya menghadapi Azusawa tetapi juga masa lalunya sendiri. Peristiwa-peristiwa ini perlahan-lahan membawanya lebih dekat untuk menyingkap misteri yang telah menghindarinya dan sahabatnya, Ignatov, selama bertahun-tahun.