Ren Amamiya, seorang siswa pindahan baru di Akademi Shujin, dikirim ke Tokyo untuk tinggal bersama teman keluarganya, Sojiro Sakura, setelah secara tidak sengaja menjalani masa percobaan karena membela seorang wanita dari serangan seksual. Dalam perjalanan untuk menghadiri hari pertamanya di sekolah barunya, Ren menyadari bahwa sebuah aplikasi aneh telah muncul di ponselnya, memindahkannya ke dunia yang dikenal sebagai Metaverse, yang berisi "bayangan" orang-orang: penggambaran yang terdistorsi dari diri mereka yang sebenarnya. Di Metaverse, dia membangkitkan Persona-nya, sebuah kekuatan dari dalam dirinya yang memberinya kekuatan untuk melawan bayangan. Dengan bantuan para siswa yang juga bermasalah, dia membentuk Phantom Pencuri Hati, berusaha menyelamatkan orang-orang dari keinginan berdosa mereka dengan "mengambil hati mereka," membuat para pelaku kejahatan menyesali tindakan mereka dan membuka lembaran baru. Reputasi grup ini terus berkembang secara eksplosif, membawa ketenaran baik positif maupun negatif.Namun, selama puncak popularitas mereka, Ren ditangkap dan ditahan. Di sini, dia menjalani interogasi yang keras, namun hal ini dipotong oleh kedatangan Sae Niijima-seorang jaksa penuntut yang ingin mendapatkan jawaban. Bagaimana reaksi Sae Niijima terhadap kisahnya, dan apa yang akan terjadi pada Phantom Thieves?