Kirino Kousaka, seorang otaku fanatik, telah kembali dan menetap kembali ke kehidupannya di Jepang bersama teman dan keluarganya. Terlepas dari apa yang telah dilakukan oleh kakaknya, Kyousuke, untuknya, Kirino terus mengabaikannya, yang membuatnya frustrasi. Dia khawatir bahwa bujukannya agar Kirino berhenti dari pelatihan atletik di Amerika dan kembali ke rumah akan membuat hubungannya dengan Kirino semakin renggang. Selain itu, Kyousuke sekarang juga harus memecahkan kode pesan yang berani dan samar dari Ruri "Kuroneko" Gokou, juniornya di sekolah dan juga teman Kirino. Seiring dengan semakin eratnya hubungan antara kedua saudara kandung ini dan teman-teman mereka, Kirino dan Kyousuke harus mencari cara untuk menangani hubungan ini, saling membantu satu sama lain dalam prosesnya. Meskipun demikian, Kirino masih bisa meluangkan waktu untuk memuaskan kebutuhan otaku dengan ditemani kakaknya.