Setelah mendengar kabar bahwa pulau-pulau di East Blue sedang dihancurkan, Monkey D. Luffy dan krunya pergi untuk menyelidiki. Namun, dalam perjalanan mereka, sebuah kapal bajak laut yang aneh muncul dari langit, dikemudikan oleh bajak laut terkenal Shiki "Singa Emas" -seorang pria yang memakan Buah Apung dan tawanan pertama yang melarikan diri dari Impel Down. Dalam usahanya untuk mengalahkan Pemerintah Dunia, Shiki menculik Nami untuk menjadi navigatornya sendiri dan mengirim anggota Bajak Laut Topi Jerami lainnya ke pulau-pulau terapungnya sebagai sandera, meninggalkannya dalam dilema. Terpisah di negeri yang berada di bawah kendali mutlak Shiki, Luffy dan krunya harus bertahan hidup di medan yang membingungkan untuk membawa kembali navigator dan teman mereka.