Di dunia pasca-apokaliptik yang dikuasai oleh "Makhluk Hidup Mesin" buatan alien, umat manusia bersiap untuk pertahanan terakhirnya. Terpaksa mundur ke Bulan demi keselamatan, manusia menggantungkan harapan mereka pada sekelompok android buatan manusia yang dikenal sebagai tentara YoRHa. Dipimpin oleh android serbaguna YoRHa 2-gou B-gata "2B", kelompok ini akan bertempur untuk mengambil alih kendali Bumi dari para penjajah.Saat perang melawan mesin berkecamuk, YoRHa perlahan-lahan mulai melihat serpihan-serpihan pertama dari kebenaran yang mendasari konflik brutal tersebut. Menghadapi kenyataan pahit di hadapannya, pejuang 2B yang tak tergoyahkan mulai mempertanyakan keberadaannya dan seberapa besar pengorbanannya demi kemanusiaan.