Dahulu kala, semua manusia hidup di bawah laut. Namun, beberapa orang lebih memilih untuk tinggal di permukaan dan meninggalkan kehidupan di bawah air secara permanen. Akibatnya, mereka kehilangan perlindungan yang diberikan oleh dewa yang disebut "Ena" yang memungkinkan mereka untuk bernapas di bawah air. Seiring berjalannya waktu, jurang pemisah antara penghuni laut dan permukaan semakin melebar, meskipun kontak antara kedua bangsa tersebut masih tetap ada. Nagi no Asu kara mengisahkan kisah Hikari Sakishima dan Manaka Mukaido, bersama teman masa kecilnya, Chisaki Hiradaira dan Kaname Isaki, yang dipaksa meninggalkan laut dan bersekolah di permukaan. Di sana, mereka juga bertemu dengan Tsumugu Kihara, sesama siswa dan nelayan yang mencintai laut. Kehidupan Hikari dan teman-temannya pasti akan berubah karena mereka harus berurusan dengan kebencian dan diskriminasi yang mendalam antara orang-orang di laut dan di permukaan, badai dalam kehidupan pribadi mereka, serta badai yang akan datang yang mungkin akan membawa malapetaka bagi semua orang yang tinggal di permukaan.