Pada hari yang terik di musim panas tanggal 14 Agustus, Shintarou Kisaragi terpaksa meninggalkan kamarnya untuk pertama kali dalam dua tahun. Ketika sedang berdebat dengan Ene, gadis dunia maya yang tinggal di komputernya, Shintarou Kisaragi secara tidak sengaja menumpahkan soda ke seluruh papan ketiknya. Meskipun mereka mencoba mencari penggantinya secara online, sebagian besar toko tutup karena festival Obon, sehingga mereka tidak punya pilihan lain selain mengunjungi toserba setempat. Bertualang ke luar rumah membuat Shintarou sangat cemas, tetapi membayangkan hidup tanpa komputernya, bahkan lebih buruk lagi. Hanya saja, pada hari ketika ia akhirnya keluar rumah, ia terjebak dalam situasi penyanderaan yang menakutkan. Untungnya, sekelompok remaja dengan kekuatan mata yang misterius, yang menamakan diri mereka "Mekakushi Dan", membantu Shintarou untuk mengatasi situasi tersebut. Akibatnya, dia terpaksa bergabung dengan kelompok mereka, bersama dengan Ene. Kemampuan mereka tampak seperti potongan-potongan teka-teki, yang saling berkaitan satu sama lain, dan seiring dengan terungkapnya masa lalu masing-masing anggota, rahasia yang mengikat mereka secara perlahan-lahan terungkap.