Bahtera Nuh - teknologi VR terbaru dan tonggak sejarah inovasi manusia - dipersiapkan untuk dipamerkan kepada anak-anak istimewa di Jepang. Mereka mendapat kehormatan untuk memulai revolusi baru dalam dunia game; namun, kesenangan mereka yang tanpa beban itu terhenti saat seorang karyawan perusahaan ditemukan terbunuh, dengan pesan terakhirnya yang mengarah pada petunjuk yang tersembunyi di dalam Bahtera.Bersama dengan Detective Boys dan Ran Mouri, Conan Edogawa memasuki Bahtera Nuh untuk memecahkan misteri ini dan memastikan pelakunya tertangkap. Namun, begitu mereka berada di dalam Bahtera, Bahtera tersebut memiliki pikirannya sendiri, memenjarakan mereka dan anak-anak di dalam dunianya. Untuk melarikan diri dan membawa si pembunuh ke pengadilan, Conan dan kawan-kawan harus menavigasi simulasi London abad ke-19 dan melacak Jack the Ripper yang terkenal - dengan nyawa 50 anak tak berdosa yang bergantung pada mereka.