Sebuah tim yang terdiri dari tiga gadis ajaib yang dikenal sebagai Tres Magia melindungi kota tempat tinggal Utena Hiiragi. Seperti banyak orang lainnya, Utena menyukai gadis-gadis ajaib ini yang dengan gagah berani bertarung demi keadilan. Suatu hari, karakter maskot hitam misterius muncul di hadapan Utena dan memberinya kesempatan seumur hidup: kesempatan untuk berubah menjadi gadis ajaib. Namun, tawaran itu tidak seperti kelihatannya, karena Utena telah direkrut untuk sebuah organisasi jahat untuk melawan gadis-gadis ajaib yang selalu dikaguminya. Utena kemudian dipaksa untuk menghadapi Tres Magia dalam pertempuran; tetapi alih-alih merasa menyesal, dia secara tak terduga menemukan kesenangan dalam menimbulkan rasa sakit pada gadis-gadis ajaib. Sepenuhnya menyerah pada keinginannya, Utena menerima perannya sebagai penjahat, perlahan-lahan mengubah kekagumannya pada gadis-gadis penyihir menjadi obsesi sadis yang baru.