Belum lama ini, struktur misterius yang disebut Dungeon mulai bermunculan di seluruh dunia. Tidak ada yang tahu apa itu Dungeon atau bagaimana mereka bisa muncul, tetapi para petualang dan tentara di seluruh dunia langsung tertarik padanya. Ribuan orang berangkat untuk menjelajahi Dungeon, tetapi sejauh ini, belum ada satu orang pun yang kembali. Di pelabuhan Parthia, seorang anak laki-laki akan membuat nama untuk dirinya sendiri. Sinbad adalah anak yang baik hati, kuat, dan mendambakan petualangan. Sebuah perbuatan baik membawanya pada pertemuannya dengan Yunan, seorang pengembara penuh teka-teki yang jauh lebih kuat daripada yang terlihat dari kepribadiannya yang sembrono. Yunan memerintahkan Sinbad untuk mendapatkan "kekuatan raja" dan mengubah dunia-dengan menaklukkan Dungeon. Bocah yang bersemangat ini langsung menerimanya, dan memulai petualangan besar yang sangat ia idam-idamkan. Mengambil latar waktu 15 tahun sebelum kejadian dalam serial aslinya, Magi: Sinbad no Bouken mengisahkan masa muda Sinbad sebagai penakluk Dungeon. Di sepanjang jalan, petualang dan pedagang pemula ini harus menghadapi banyak rintangan, tetapi segala sesuatu mungkin terjadi dengan kekuatan seorang raja.