Mengambil latar waktu tiga tahun sebelum serial TV-nya, episode nol mengikuti misi Hiroomi Nase untuk menaklukkan Akihito Kanbara yang merupakan setengah manusia dan setengah yakuza yang terkenal. Penasaran dengan misi tersebut, adik perempuan Hiroomi, Mitsuki, ikut serta bersamanya, dan kakak beradik ini bertemu dengan Akihito untuk pertama kalinya. Namun, mereka segera menemukan bahwa mereka bukan satu-satunya yang mencari Akihito, dan dengan demikian dimulailah kisah Kyoukai no Kanata.