Pada tahun 2029, Kota Niihama telah menjadi kota metropolitan yang berteknologi maju. Berkat kemajuan besar dalam bidang sibernetika, warganya dapat mengganti anggota tubuh mereka dengan bagian-bagian robotik. Dunia sekarang lebih saling terhubung daripada sebelumnya, dan Bagian Keamanan Publik 9 kota ini bertanggung jawab untuk memerangi korupsi, terorisme, dan ancaman berbahaya lainnya setelah pergeseran menuju globalisasi.Mayor Motoko Kusanagi yang berkemauan keras dari Seksi 9 memelopori sebuah kasus yang melibatkan seorang peretas misterius yang hanya dikenal sebagai "Puppet Master", yang meninggalkan jejak para korban yang dilucuti ingatannya. Seperti kebanyakan orang di dunia futuristik ini, tubuh Puppet Master hampir seluruhnya adalah robot, yang memberi mereka kekuatan yang luar biasa.Ketika Motoko dan bawahannya mengikuti jejak penjahat misterius itu, pihak lain-termasuk Seksi 6-mulai terlibat, memaksanya untuk menghadapi kasus yang sangat rumit. Merenungkan berbagai pertanyaan filosofis, seperti makna hidupnya sendiri, Motoko segera menyadari bahwa orang yang akan memberikan jawaban tersebut tidak lain adalah Puppet Master itu sendiri.