Kedamaian telah kembali ke Akademi Honnouji pada akhirnya, dan sekarang setelah memenuhi tujuan awalnya, sekolah menengah yang unik ini akan ditutup dalam waktu satu bulan. Namun, masih ada satu acara terakhir yang harus dilakukan: upacara kelulusan. Ketika setiap anggota OSIS bersiap untuk meninggalkan masa lalu mereka dan fokus pada apa yang ingin mereka lakukan di masa depan, Satsuki Kiryuuin berjuang untuk menemukan jalannya sendiri, setelah kehilangan tekad setelah akhirnya meraih kemenangan.Namun, tepat sebelum dia memberikan pidatonya kepada dewan mahasiswa, upacara tersebut diganggu oleh makhluk misterius yang identik dengan anggota dewan mahasiswa. Saat Ryuuko Matoi dan Elite Four bersiap untuk bertempur sekali lagi, mereka dengan cepat menemukan bahwa yang menarik senar adalah musuh lama yang kembali untuk membalas dendam.