Setelah pembunuhan ayahnya, Ryuuko Matoi mengembara ke berbagai tempat untuk mencari pembunuhnya. Mengikuti satu-satunya petunjuk yang ada - separuh dari penemuannya yang hilang, Scissor Blade - ia tiba di Akademi Honnouji yang bergengsi, sebuah sekolah menengah yang tidak seperti yang lain. Akademi ini dipimpin oleh ketua OSIS Satsuki Kiryuuin yang berwibawa dan berhati dingin bersama para bawahannya yang kuat, Elite Four. Dalam hirarki sekolah yang sangat kompetitif, Satsuki memberikan pakaian khusus kepada mereka yang berada di posisi teratas yang disebut "Seragam Goku", yang memberikan pemakainya kemampuan super yang unik.Setelah dipukuli habis-habisan dalam sebuah pertarungan melawan salah satu murid berseragam, Ryuuko kembali ke rumahnya yang sudah hancur dan menemukan Senketsu, "Kamui" yang langka dan memiliki kekuatan, atau Pakaian Dewa. Setelah bersentuhan dengan darah Ryuuko, Senketsu terbangun, menempel pada Ryuuko dan memberinya kekuatan yang luar biasa. Sekarang, dengan berbekal Senketsu dan Scissor Blade, Ryuuko melawan Elite Four, berharap untuk mencapai Satsuki dan mengungkap pelaku di balik pembunuhan ayahnya untuk selamanya.