Shiki Ryougi, Mikiya Kokutou, dan Touko Aozaki mulai menyelidiki seorang pengebom setelah mereka menyaksikan ledakan di dekatnya. Pada malam yang sama, Shiki melihat sekilas pelaku pengeboman, dan akibatnya, dia terpaku padanya. Untuk menyingkirkannya, orang gila tersebut memainkan permainan kucing dan tikus untuk memancingnya ke tempat parkir yang kosong. Dan bom bukanlah satu-satunya senjata yang ia miliki: ia juga memiliki kemampuan untuk melihat masa depan, dan ia berniat untuk mengakhiri hidup Shiki.Di tempat lain beberapa hari sebelumnya, seorang siswi di Akademi Perempuan Reien, Shizune Seo, berencana untuk pulang ke rumah untuk liburan musim panas. Namun, ketika keluar dari bus, dia memiliki visi masa depan yang melibatkan kematian orang asing di dekatnya. Ketika mencoba memperingatkan orang asing tersebut, dia bertemu dengan Mikiya-yang berhasil memanfaatkan informasi Shizune secara efektif.Selanjutnya, seorang karyawan dikirim untuk melakukan pekerjaan dengan membawa serta anak perempuan majikannya yang berusia 10 tahun. Namun, subjek investigasinya ternyata adalah hantu dari masa lalu mereka berdua.Mirai Fukuin menceritakan kisah-kisah yang berlatar belakang pada waktu utama film Kara no Kyoukai, serta satu latar di masa depan.