Pada bulan November 1998, pembunuhan ganda terjadi di kompleks apartemen Ogawa yang baru dibangun di jantung Kota Mifune. Pembunuhnya, Tomoe Enjou, melarikan diri dengan panik. Yang mengherankan, dia tidak dikejar oleh polisi dan berita tentang insiden tersebut tidak dilaporkan melalui media. Setelah Shiki Ryougi membela Tomoe dari sekelompok preman, dia mengizinkan Tomoe untuk menggunakan tempat tinggalnya sebagai tempat persembunyian. Namun, beberapa hari kemudian, Tomoe terguncang saat mengetahui bahwa ibunya masih hidup, meskipun dia yakin bahwa dia telah membunuhnya. Secara kebetulan, Mikiya Kokutou sedang menyelidiki petunjuk yang diterima rekannya, Touko Aozaki, mengenai pembunuhan di kompleks apartemen yang unik. Ketika dia menemukan lebih banyak informasi tentang insiden tersebut, Mikiya menaruh minat khusus pada Tomoe. Memutuskan untuk menyelidikinya lebih lanjut, Mikiya segera menemukan kebenaran yang mengganggu dari firasat kompleks Ogawa.Seri kelima dari seri film Kara no Kyoukai, Mujun Rasen menggabungkan misteri yang dibangun secara rumit dengan tema dan karakter yang sudah mapan untuk menghasilkan cerita yang gelap dan menggugah.