Setelah peristiwa Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi mengalami koma selama dua tahun karena kecelakaan lalu lintas. Ketika dia akhirnya terbangun, dia tidak memiliki ingatan tentang masa lalunya dan dilanda kesepian yang mendalam. Yang lebih aneh lagi, ia melihat garis-garis gelap yang melingkupi benda-benda di sekelilingnya, dan jika ia menyentuhnya, ia bisa membongkar benda tersebut-sesuatu yang membuatnya sangat ketakutan. Temannya, Mikiya Kokutou, meminta bantuan Touko Aozaki, seorang penyihir yang dapat membantu Shiki memahami apa yang sebenarnya mampu dilakukan oleh matanya - "Mata Mistik Persepsi Kematian" - dan bagaimana cara menggunakannya dengan benar.