Chika Homura memulai kariernya di sekolah menengah atas dengan satu tujuan: untuk mengembangkan persona "gadis imut". Setelah keluar dari tim bola voli meskipun berstatus all-star, Chika memutuskan untuk bergabung dengan klub alat musik tiup di sekolahnya dan memainkan seruling, karena menganggapnya sebagai alat musik yang paling lembut dan feminin. Untuk pertama kalinya dalam sembilan tahun, Chika bertemu kembali dengan teman masa kecilnya yang sangat bertolak belakang, Haruta Kamijou. Sayangnya bagi Chika, Haruta tidak terkecoh dengan usahanya untuk menjadi lebih menawan. Namun hal ini tidak menghalangi Chika, dan ia pun mulai jatuh cinta pada instruktur band, Shinjirou Kusakabe-tetapi begitu pula dengan Haruta! Namun, kehidupan sekolah menengah Chika tidak berjalan sesuai rencana, karena misteri mulai bermunculan di sekelilingnya dan teman-temannya. Para anggota klub harus bekerja sama untuk memecahkan misteri yang melanda sekolah, sambil mencoba mencari lebih banyak anggota untuk berkompetisi dalam kompetisi musik.