Terlahir dari kepompong di desa Old Home, seorang Haibane muda-makhluk dengan lingkaran cahaya dan sayap abu-abu kecil-terbangun di dunia yang tidak dimengertinya tanpa ingatan akan masa lalunya. Diberi nama Rakka karena mimpi jatuh yang dialaminya saat berada di dalam kepompong, dia segera terbiasa dengan kehidupan di kota yang asing. Namun, ada aturan ketat bagi para Haibane, seperti dilarang meninggalkan desa atau mendekati tembok yang mengelilinginya. Hal ini, bersama dengan hilangnya kaum mereka secara misterius pada "Hari Terbang" mereka, mulai mengganggu Rakka dan yang lainnya karena mereka hampir tidak tahu apa-apa tentang kaum mereka sendiri. Ketika Rakka dan kaum Haibane lainnya menjalani hidup mereka tanpa kenangan masa lalu, mereka mencoba untuk melepaskan diri dari penderitaan yang mereka rasakan dan pada akhirnya menemukan keselamatan.