Grisaia no Rakuen dimulai tepat di akhir seri sebelumnya, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji ditangkap karena dicurigai melakukan terorisme. Sebuah video yang menunjukkan bukti nyata bahwa Yuuji melakukan tindakan tersebut, dan dia ditahan oleh Ichigaya.Ichigaya tahu betul bahwa Yuuji tidak melakukan kejahatan yang dituduhkan kepadanya. Namun dia gagal membunuh Heath Oslo, yang merupakan pemimpin organisasi teroris dengan senjata yang sangat dahsyat yang mereka miliki. Bahkan, Ichigaya memiliki rencana sendiri untuk Yuuji...Tapi semua mungkin tidak akan hilang untuk Yuuji. Gadis-gadis di Akademi Mihama tidak akan membiarkan Yuuji dimanfaatkan untuk kepentingan politik, begitu juga dengan sosok baru misterius yang muncul di hadapan mereka.