Iori Kitahara pindah ke kota pesisir Izu untuk tahun pertamanya di universitas, dan tinggal di atas Grand Blue, toko selam milik pamannya. Iori memiliki harapan dan impian yang tinggi untuk mendapatkan pengalaman kuliah yang ideal, tetapi ketika dia memasuki toko, dia tersedot ke dalam kegiatan beralkohol para anggota Klub Selam yang riang dan sering mengunjungi tempat itu. Dibujuk oleh kakak kelas Shinji Tokita dan Ryuujirou Kotobuki, Iori dengan enggan bergabung dengan pesta aneh mereka. Sepupunya, Chisa Kotegawa, kemudian masuk dan memergokinya, membuat Iori dihina habis-habisan. Berdasarkan manga komedi populer karya Kenji Inoue dan Kimitake Yoshioka, Grand Blue mengisahkan kesialan Iori dan teman-teman barunya yang eksentrik saat ia berusaha mewujudkan impiannya untuk masuk ke perguruan tinggi, sembari belajar menyelam.