Dengan kekalahan kota nanometal Bilusaludo, kehancuran umat manusia tampaknya tak terelakkan. Lebih buruk lagi, penolakan Kapten Haruo Sakaki untuk mengorbankan kemanusiaannya mendapat kecaman dari pasukan Bilusaludo yang tersisa, yang menyalahkannya atas kekalahan mereka. Di saat-saat tergelap mereka, beberapa manusia yang masih hidup beralih ke agama Exif, yang menjanjikan bahwa pengabdian adalah jalan menuju keselamatan dari Godzilla.Namun, para Exif tidak seperti yang terlihat. Ketika para penyintas menjadi semakin bersemangat dalam pengabdian mereka, Sasaki bertanya-tanya apa yang sebenarnya disembunyikan oleh pendeta Metphies-terutama mengenai hubungannya dengan monster yang dikenal sebagai Ghidorah.