Setelah melalui pertempuran sengit dan banyak kekalahan, manusia akhirnya berhasil membunuh Godzilla-monster yang menyebabkan umat manusia melarikan diri dari Bumi 20 ribu tahun sebelumnya. Namun, makhluk yang dibunuh oleh pasukan Haruo Sakaki itu tidak sendirian; masih ada Godzilla lain di Bumi yang belum dikalahkan. Terluka parah akibat konflik pertama, Sakaki terbangun di rumah seorang gadis muda yang merupakan anggota suku Houtua. Memiliki kemiripan yang mengejutkan dengan manusia, suku Houtua telah beradaptasi untuk bertahan hidup di tengah perubahan iklim di planet yang telah lama ditinggalkan.Dengan sebagian besar sumber daya mereka habis, anggota pasukan khusus Sasaki yang tersisa berjuang dengan keputusan untuk meninggalkan misi dan planet asal mereka atau bertempur dalam pertempuran yang mustahil. Namun, harapan tidak sepenuhnya hilang, karena para anggota dari ras alien Bilusaludo menemukan sisa-sisa senjata anti-Godzilla mereka, Mechagodzilla. Bahkan dengan senjata ampuh ini di gudang senjata mereka, kemenangan tampaknya mustahil untuk diraih: Godzilla telah menghabiskan waktu selama ini untuk berevolusi dan mempersiapkan diri untuk mengalahkan siapa pun yang berani menantang keunggulannya.