Gakusen Toshi Asterisk Musim ke-2 melanjutkan kisah murid-murid Genestella, Ayato Amagiri dan Julis-Alexia von Riessfeld, yang telah melaju ke babak selanjutnya di Phoenix Festa setelah melalui pertarungan yang panjang dan berat melawan kakak-beradik Irene dan Priscilla Urzaiz. Terlepas dari usaha terbaik yang telah dilakukan oleh Julis dan Ayato, fakta bahwa kekuatan Ayato telah disegel sudah tidak menjadi rahasia lagi. Sekarang dalam posisi yang kurang menguntungkan, keduanya harus membuat rencana jika mereka ingin memiliki harapan untuk memenangkan Phoenix Festa. Hanya satu hal yang pasti: masalah yang menghadang mereka akan semakin sulit diatasi sejak saat ini.