Bertahun-tahun yang lalu, semua hantu di rumah sekolah berhantu diusir oleh seorang siswa. Sekarang, mereka kembali-dan mereka ingin membalas dendam... Satsuki dan Keiichirou Miyanoshita adalah dua bersaudara yang baru saja pulih dari kehilangan ibu mereka yang tragis. Setelah pindah ke kampung halaman ibu mereka, mereka mengetahui bahwa sekolah lokal tempat mereka pindah adalah sebuah bangunan tua-yang konon katanya berhantu. Meskipun awalnya menganggapnya sebagai rumor konyol, keduanya segera menemukan bahwa hantu itu memang nyata dan mereka mengejar mereka! Gakkou no Kaidan adalah kisah menyeramkan tentang kehidupan kakak beradik dan teman-teman baru mereka saat mereka mencoba bertahan hidup dari hantu-hantu di sekolah-dengan sedikit bantuan dari kucing peliharaan mereka di sepanjang jalan.