Dalam dunia pasca-apokaliptik, pemukiman manusia terakhir yang tersisa di Jepang adalah kota Tokyo-3 yang dibentengi dengan kuat. Shinji Ikari yang berusia empat belas tahun dibawa ke markas besar NERV, sebuah organisasi bawah tanah yang dipimpin oleh ayahnya yang terasing, Gendou. Dia meminta Shinji untuk menjadi pilot "Evangelion," sebuah android kolosal yang dibangun untuk melawan makhluk asing yang mengerikan dan merusak yang dikenal sebagai "Malaikat" yang menimbulkan malapetaka di planet ini dan mengancam kelangsungan hidup umat manusia yang tersisa.Meskipun awalnya enggan, Shinji terpengaruh oleh gagasan untuk berdamai dengan ayahnya, dan setuju untuk membantu upaya berbahaya umat manusia melawan ancaman alien, sebagai pilot Evangelion Unit-01. Didorong ke tengah-tengah medan perang yang berbahaya, Shinji harus menemukan keberanian dan tekad yang diperlukan untuk menghadapi serangan Malaikat sebelum terlambat.