Dua tahun setelah gelombang pasang dahsyat yang melanda Jepang, petugas polisi Kiyomasa Senji berusaha membuat dunia menjadi tempat yang lebih aman. Dengan menggunakan kekuatan Cabang Dosa, dia menghentikan para penjahat dengan cara apa pun yang dia bisa. Setelah menyelamatkan seorang anak laki-laki bernama Izuru Tsukiyoshi dari geng bernama Goreless Peace, konflik antara Kiyomasa dan musuh-musuhnya memanas dengan cepat, hingga meledak-ledak. Menawarkan sekilas masa lalu Deadman masa depan, ceritanya mengikuti Senji, membantu mengembangkan lebih lanjut alasan yang mendorong tindakannya di kemudian hari.