Shidou Itsuka menghadapi bahaya yang lebih besar dari sebelumnya karena keterlibatannya yang terus berlanjut dengan Ratatoskr. Dia telah menyegel 10 Roh, dan Isaac Westcott, pemimpin Deus Ex Machina Industries, akhirnya memutuskan untuk membunuh Shidou dan merampas kekuatan Roh untuk dirinya sendiri. Untuk mencapai tujuannya, Isaac mendeklarasikan perang habis-habisan melawan Ratatoskr, memaksa organisasi tersebut menguras sumber dayanya untuk memastikan kelangsungan hidup Shidou. Meskipun kalah jumlah dan kalah dalam pertempuran, secercah harapan muncul dalam bentuk Roh Waktu, Kurumi Tokisaki. Shidou harus menyegel dan mendapatkan kekuatan Kurumi untuk melakukan perjalanan ke masa lalu dan menghadapi Roh Asal - katalisator yang memulai semuanya.