Kejahatan tidak lekang oleh waktu. Pada tahun 2071, umat manusia telah berkembang melintasi galaksi, memenuhi permukaan planet lain dengan pemukiman seperti yang ada di Bumi. Masyarakat baru ini diganggu oleh pembunuhan, penggunaan narkoba, dan pencurian, dan penjahat antargalaksi diburu oleh semakin banyak pemburu bayaran yang tangguh.Spike Spiegel dan Jet Black mengejar para penjahat di seluruh penjuru angkasa untuk mencari nafkah. Di balik sikapnya yang konyol dan suka menyendiri, Spike dihantui oleh masa lalunya yang penuh dengan kekerasan. Sementara itu, Jet mengelola ingatannya sendiri yang bermasalah sambil merawat Spike dan Bebop, kapal mereka. Duo ini bergabung dengan penipu cantik Faye Valentine, anak aneh Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV, dan Ein, seekor Welsh Corgi hasil rekayasa genetika.Sambil membangun ikatan dan bekerja untuk menangkap para penjahat yang beraneka ragam, kehidupan kru Bebop terganggu oleh ancaman dari masa lalu Spike. Ketika rencana gila saingannya terus terungkap, Spike harus memilih antara hidup dengan keluarga barunya atau membalas dendam atas luka lamanya.