Satu tahun telah berlalu sejak Pemberontakan Hitam, pemberontakan yang gagal melawan Kekaisaran Britania Suci yang dipimpin oleh vigilante bertopeng Zero, yang kini menghilang. Karena kehilangan pemimpin revolusioner mereka, kelompok perlawanan Area 11 - Ksatria Hitam - mendapati diri mereka tidak berdaya untuk memerangi kebrutalan yang ditimpakan kepada Kesebelas oleh Britania, yang telah meningkat secara signifikan untuk menghancurkan harapan pemberontakan di masa depan.Lelouch Lamperouge, yang telah kehilangan semua ingatan tentang kehidupan gandanya, hidup damai bersama teman-temannya sebagai siswa sekolah menengah di Akademi Ashford. Mantan rekannya, C.C., yang tidak dapat menerima pergantian peristiwa ini, mengambil tanggung jawab untuk mengingatkannya akan tujuan masa lalunya, berharap dalang Zero akan bangkit sekali lagi untuk menyelesaikan apa yang telah ia mulai, dalam kesimpulan yang mendebarkan untuk seri ini.