Clannad: Mou Hitotsu no Sekai, Tomoyo-hen berlatar belakang realitas alternatif di mana Tomoya Okazaki berpacaran dengan juniornya, Tomoyo Sakagami.Tomoyo telah terpilih untuk menjadi Ketua OSIS sekolah berikutnya. Ini adalah berita bagus karena dia sekarang dapat bekerja untuk mencapai tujuannya untuk mencegah pohon sakura di sekolah agar tidak ditebang. Meskipun Tomoya sangat senang untuknya, mengingat reputasinya sebagai anak nakal di sekolah, hubungannya dengan Tomoyo membuat mereka menjadi bahan gosip di sekitar kampus, yang berpotensi membahayakan posisinya sebagai Ketua OSIS. Ketidaksetujuan komunitas sekolah terhadap hubungan mereka semakin terlihat ketika Wakil Ketua OSIS dan bahkan pihak administrasi sekolah memperingatkan Tomoya untuk menjauhi Tomoyo.Dengan suasana buruk yang memperlebar keretakan antara Tomoya dan Tomoyo, akankah Tomoya menyerah pada tekanan masyarakat dan melakukan apa yang mereka katakan, atau akankah cinta mereka satu sama lain naik di atas itu semua?