Setelah bertahun-tahun perang tanpa hasil antara empat dunia Gamindustri (Planeptune, Lastation, Lowee, dan Leanbox) untuk memperebutkan energi Share, sumber kekuatan mereka yang didasarkan pada seberapa besar kepercayaan mereka terhadap dewa-dewi mereka, keempat dunia yang memerintah mereka akhirnya menandatangani sebuah perjanjian persahabatan. Perjanjian ini melarang segala upaya untuk merebut energi Share melalui kekuatan militer, dengan harapan dapat membawa perdamaian dan kemakmuran bagi dunia mereka. Namun, sebulan setelah perjanjian tersebut, Neptunus, Dewi CPU Planeptunus, menghabiskan waktunya untuk bersenang-senang dan bermain game daripada melakukan pekerjaannya, membuat Share di negerinya menurun drastis. Choujigen Game Neptunus The Animation mengisahkan usaha Neptunus dan kawan-kawannya untuk meningkatkan Share, sembari menghadapi ancaman eksternal yang dapat menyebabkan berakhirnya para Dewi dan industri game itu sendiri...