Setelah sepasang makhluk misterius menyerang Rukia Kuchiki dan menghapus ingatannya ketika dia berada di Seireitei, Ichigo Kurosaki, seorang Soul Reaper pengganti, sempat melupakan Rukia, hingga dia diingatkan kembali oleh Kon, seorang Underpod Mod-Soul. Karena bingung, dia mencari pemilik toko permen di kotanya, Kisuke Urahara, yang membukakan jalan menuju Seireitei untuk mereka. Ichigo kemudian terkejut saat mengetahui bahwa sekutunya di Seireitei, Shinigami dari Soul Society, telah melupakannya.Dipenuhi dengan aksi, Kimi no Na wo Yobu mengikuti Ichigo dan Kon saat mereka bertarung melawan mantan rekan-rekan mereka sambil mencari Rukia yang hilang dan menemukan para penyerangnya sebelum mereka menyerang lagi.