Setelah keluar sebagai pemenang dari turnamen bawah tanah yang brutal, Baki Hanma melanjutkan perjalanannya untuk mengalahkan ayahnya, Yuujirou, orang terkuat di dunia. Namun, dia tidak memiliki waktu untuk beristirahat ketika sang juara turnamen, Tokugawa Mitsunari, mengunjunginya di sekolah. Dia mengungkapkan kepada Baki bahwa lima narapidana hukuman mati yang sangat berbahaya dari seluruh dunia-semuanya ahli dalam seni bela diri-telah secara bersamaan melarikan diri dari kurungan dan menuju ke Tokyo, masing-masing ingin merasakan bagaimana rasanya kekalahan. Tokugawa memperingatkan bahwa, karena kekuatannya yang terkenal, cepat atau lambat Baki pasti akan bertemu dengan mereka, dan dia tidak akan menjadi satu-satunya target mereka. Mengadaptasi kisah pertama dari seri manga kedua, Baki berpusat pada perang habis-habisan antara seniman bela diri terhormat di Jepang dan mereka yang berada di dunia bawah tanah yang gelap.