Dalam waktu dekat, kenaikan air laut yang tiba-tiba dan tidak dapat dijelaskan telah membuat sebagian besar peradaban manusia berada di bawah air. Ikaruga Natsuki, seorang anak laki-laki yang kehilangan ibu dan kakinya dalam sebuah kecelakaan beberapa tahun sebelumnya, kembali dengan rasa kecewa dari kehidupan yang keras di kota besar dan mendapati rumah lamanya di pedesaan yang sudah ditelan laut. Karena tidak memiliki keluarga, yang ia miliki hanyalah kapal dan kapal selam yang ditinggalkan oleh neneknya yang seorang ahli kelautan, serta hutang-hutangnya. Satu-satunya harapannya untuk mengembalikan mimpi-mimpi masa depan yang telah hilang adalah dengan mengambil kesempatan yang diberikan oleh penagih hutang yang mencurigakan, Catherine. Mereka berlayar untuk mencari reruntuhan laboratorium neneknya yang tenggelam untuk menemukan harta karun yang menurut rumor ditinggalkan di sana. Namun, yang mereka temukan bukanlah harta karun atau permata, melainkan seorang gadis aneh yang tertidur di dalam peti mati di dasar laut. Atri.Atri adalah sebuah robot, namun penampilan dan emosinya yang kaya akan emosi akan menipu siapa pun untuk mengira bahwa dia adalah manusia yang hidup dan bernapas.Sebagai rasa terima kasih karena telah diselamatkan, dia membuat pernyataan kepada Natsuki: "Saya ingin memenuhi perintah terakhir tuan saya. Sampai aku melakukannya, aku akan menjadi kakimu!" Di sebuah kota kecil yang perlahan-lahan diselimuti oleh lautan, musim panas yang tak terlupakan akan segera dimulai oleh bocah laki-laki dan gadis robot misterius ini...